Trước đây, Thạnh Tân là một xã thuộc huyện Hòa Thành.

Ngày 10 tháng 8 năm 2001, Chính phủ ban hành Nghị định số 46/2001/NĐ-CP [3], về việc được mở rộng địa giới hành chính thị xã Tây Ninh, đồng thời chuyển xã Thạnh Tân của huyện Hòa Thành về thị xã Tây Ninh quản lý.

Ngày 29 tháng 12 năm 2013, Chính phủ ban hành Nghị quyết số 135/NQ-CP[4], về việc thành lập thành phố Tây Ninh thuộc tỉnh Tây Ninh. Theo đó, xã Thạnh Tân trực thuộc thành phố Tây Ninh.